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En este sentido, la Corte definió unas reglas en materia de incapacidades médicas que fueron recogidas en la Sentencia T-490 de 2015 y reiteradas en la Sentencia T-265 de 2022, así: «i) el pago de las incapacidades sustituye el salario del trabajador, durante el tiempo que por razones médicas está impedido para desempeñar sus labores, cuando las incapacidades laborales son presumiblemente la única fuente de ingreso con que cuenta el trabajador para garantizarse su mínimo vital y el de su núcleo familiar; ii) el pago de las incapacidades médicas constituye también una garantía del derecho a la salud del trabajador, pues coadyuva a que se recupere satisfactoriamente, sin tener que preocuparse por la reincorporación anticipada a sus actividades laborales, con el fin de obtener recursos para su sostenimiento y el de su familia; ii) Además, los principios de dignidad humana e igualdad exigen que se brinde un tratamiento especial al trabajador, quien debido a su enfermedad se encuentra en estado de debilidad manifiesta». Esta corporación ha distinguido 3 tipos de incapacidades producto de enfermedades laborales o de origen común: «(i) temporal, cuando se presenta una imposibilidad transitoria de trabajar y aún no se han definido las consecuencias definitivas de una determinada patología; (ii) permanente parcial, cuando se presenta un disminución parcial pero definitiva de la capacidad laboral, en un porcentaje igual o superior al 5%, pero inferior al 50%, y (iii) permanente (o invalidez), cuando el afiliado padece una disminución definitiva de su capacidad laboral superior al 50%» La normativa en materia de seguridad social ha determinado cuáles son los actores dentro del Sistema General de Seguridad Social en Salud -SGSSS- a los que les corresponde el reconocimiento y pago de incapacidades médicas de los trabajadores, en función del tiempo de la incapacidad.

En virtud de lo contenido en el artículo 227 del Código Sustantivo del Trabajo y de la Seguridad Social, el artículo 1° del Decreto 2943 de 2013[74] y el inciso 5° del artículo 41 de la Ley 100 de 1993[75] se ha establecido que: Si la incapacidad médica tiene una duración de 2 días, el empleador será el encargado de asumir el pago; Si tiene una duración superior a dos días y se extiende hasta 180 días, la EPS será la responsable del pago del auxilio económico a su afiliado correspondiente; Si aquella supera el día 180 y se extiende hasta el día 540, la administradora de fondo de pensiones a que esté afiliado el trabajador será la responsable del pago del subsidio de incapacidad; A las incapacidades con una duración de hasta 180 días contados a partir del hecho generador de esta, se les reconoce el pago de un auxilio económico. Ahora bien, a aquellas que superan el día 181 se les aplica la figura del subsidio de incapacidad. Sobre el reconocimiento de incapacidades entre el día 180 y 540, resulta importante dar cuenta de la decisión contenida en la Sentencia C-270 de 2023. En esta sentencia, la Sala Plena estudió la constitucionalidad del artículo 142 del Decreto Ley 19 de 2012, que modificó el artículo 41 de la Ley 100 de 1993. Concretamente, el inciso 5° de dicha disposición, que establece que los fondos de pensiones, en los casos en que exista concepto favorable de rehabilitación, están facultados para postergar el trámite de calificación de invalidez hasta por un término máximo de trescientos sesenta (360) días calendario, adicionales a los primeros ciento ochenta (180) días de incapacidad temporal reconocida por la EPS, evento en el cual el fondo puede reconocer un subsidio equivalente a la incapacidad que veían pagando. Así, la Sala Plena de esta Corporación determinó que el requisito de la existencia de un concepto favorable para el reconocimiento de incapacidades entre el día 181 y 540 es contrario a la Constitución, razón por la cual se debe garantizar el pago de incapacidades tanto al trabajador con concepto favorable como aquel con concepto desfavorable. En cuanto al reconocimiento y pago de incapacidades superiores al día 540. Antes de la entrada en vigencia de la Ley 1753 de 2015, esta Corte conoció de multiplicidad de casos en los que se reclamaba el pago de incapacidades superiores al día 540. La Corte identificó que existía un vacío normativo respecto de los sujetos que debían responder por el reconocimiento y pago de este tipo de incapacidades.

La Sentencia T-194-2021 explicó esta problemática los siguientes términos: «(…) los asegurados incursos en estas circunstancias [incapacidades superiores al día 540], antes de la promulgación de la Ley 1753 de 2015 (…), se encontraban desprotegidos legalmente como consecuencia de la ausencia de claridad respecto de la entidad que debía asumir el pago del auxilio por incapacidad cuando los mismos superaban los 540 días. Sin embargo, el vacío de regulación fue efectivamente superado con la ley mencionada, al determinar que el pago de las incapacidades superiores a los 540 días debía asumirse por las entidades promotoras de salud (EPS) y que como mecanismo para reevaluar la real capacidad de trabajo del afectado y propender oportunamente por la reincorporación del asegurado a sus funciones laborales, el Gobierno Nacional tenía la obligación de reglamentar el procedimiento de revisión periódica de la incapacidad» De acuerdo con lo anterior, la Sentencia T-144 de 2016 ordenó a una EPS el pago de incapacidades médicas superiores al día 540 de una persona que no tenía pensión de invalidez, estaba incapacitada medicamente para trabajar, no contaba con otros ingresos para subsistir y, en consecuencia, se encontraba en una situación de debilidad manifiesta. Por estas razones, la Corte amparó el derecho fundamental al mínimo vital y encontró que se configuró una amenaza respecto de otros derechos fundamentales, como la vida digna y la salud. Puntualmente, el literal a) del inciso segundo del artículo 67 de la mencionada ley, establece que los recursos de la Administradora de los Recursos del Sistema General de Seguridad Social -ADRES- serán destinados al reconocimiento y pago a las Entidades Promotoras de Salud -EPS- por las incapacidades por enfermedad de origen común que superen los 540 días continuos. También estableció que el Gobierno Nacional reglamentaría, entre otras cosas, el procedimiento de revisión periódica de la incapacidad por parte de las EPS, el momento de calificación definitiva, y las situaciones de abuso del derecho que generen la suspensión del pago de esas incapacidades. De conformidad con lo anterior, las sentencias T-194 de 202 y la T-369 de 2022 reconocieron que las incapacidades médicas emitidas con posterioridad al día 540 deben ser reconocidas y pagadas por la EPS del afiliado, la cual podrá perseguir lo pagado ante la ADRES. El Decreto 1427 de 2022. El Gobierno Nacional reglamentó el literal a) del artículo 67 de la Ley 1753 de 2015, por medio del Decreto 1427 de 2022[85]. En este reglamento se consignó que las EPS o las «entidades adaptadas» reconocerán y pagarán a los cotizantes las incapacidades de origen común superiores a 540 días en los siguientes casos: (a) en los que exista concepto favorable de rehabilitación expedido por el médico tratante, en virtud del cual se requiera continuar con el tratamiento médico; (b) cuando el paciente no haya tenido recuperación durante el curso de la enfermedad o lesión que originó la incapacidad por enfermedad general de origen común, habiéndose seguido con los protocolos y guías de atención y las recomendaciones del médico tratante; y (c) cuando por enfermedades concomitantes se hayan presentado nuevas situaciones que prolonguen el tiempo de recuperación del paciente. De configurarse alguna de estas hipótesis, la EPS o «entidad adaptada» deberá reiniciar el pago de las incapacidades médicas a partir del día 541. De acuerdo con lo anterior, en los casos en los que existe concepto desfavorable de rehabilitación, una PCL superior al 50% e incapacidades médicas superiores al día 540 resulta aplicable el numeral 2° del artículo 2.2.3.6.1 del Decreto 780 de 2016, sustituido por el artículo 1° del Decreto 1427 de 2022, el cual establece que las EPS o entidades adaptadas reconocerán y pagarán a los cotizantes las incapacidades derivadas de enfermedad general de origen común superiores a 540 días cuando el paciente no haya tenido recuperación durante el curso de la enfermedad o lesión que originó la incapacidad por enfermedad general de origen común, habiéndose seguido con los protocolos y guías de atención y las recomendaciones del médico tratante. Ese numeral no condicionó el reconocimiento y pago de incapacidades médicas superiores al día 540 a que el paciente tenga un concepto favorable o desfavorable.

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